天皇が譲位・隠居し、その後居住された御所を○○院と呼んだことに始まる。例えば後白河法皇の御所は「蓮華王院」、嵯峨天皇の御所は「令泉院」、後に「嵯峨院」へ移り住む。当初天皇が使用していた院号もやがて公家や武士の間にも使われるようになり、江戸時代になると院号も金銭で買えるようになった。驚いた幕府は禁止令を出すが、それまでに使われていた院号についてはお構いなしとの画期的な裁定を下している。明治以降になると大富豪や政治家にも院号が用いられるようになる。今日では社会的に大きく貢献した人や、寺院に対する貢献が顕著で信仰心の非常に篤い人、また多額の寄付等による一時的な功労者にまでつけられるようになった。
院号を最初に贈られたのは嵯峨天皇とされている。臣下では関白藤原兼家が「法興院」と称したのが始まりである。また院号の代わりに○○庵、○○軒、○○斎、○○亭などを使う場合もある。